縦書き日本語を使用したWebサイトデザインを、活用してる箇所別にピックアップしてみました!
ガッツリ使い時、アクセントとして使い時、それぞれの参考にどうぞ。

サイト全体に活用(タイトル+メインビジュアル+見出し+本文+メニュー)


貝と酒 贔屓|ひいき|仙台 http://tf-corp.co.jp/hiiki

タイトル+見出し+メニュー


ふじきみつ彦 – mitsuhiko fujiki http://fujikimitsuhiko.com/

タイトル+メニュー


さんち 〜工芸と探訪〜 https://sunchi.jp/

タイトル


神勝寺 禅と庭のミュージアム http://szmg.jp/

メインビジュアル+見出し+メニュー


アップルファームさみず http://www.applefarm-samizu.com/

メインビジュアル+見出し+本文


肘折温泉 現代版湯治場 お店・お宿案内 http://hijiori-touji.jp/

メインビジュアル+見出し


ドラマチック四街道プロジェクト http://www.dramaticyotsukaido.com/

メインビジュアル


株式会社 青空木材 – 鹿児島の木材屋 http://www.aozoramokuzai.com/

見出し+本文+メニュー


京都市中京区寺町通り|書画・掛け軸・古美術|満つ美 http://www.gallerymitsumi.jp/

見出し+本文


未来の暮らし方を育む泉の創造プロジェクト「こころゆたかに暮らす」 http://mirakura.com/ptype/

見出し+メニュー


弁天堂 | 淡路島 http://bentendou.org/

鈴木:ちょっとしたアクセントに使うのも日本語サイトは縦書きがはえますね。「縦書きWeb普及委員会」というページで縦書きのCSS実装方法が掲載されていますので、そちらもチェックしてみては^^